结肠炎临床上最常见为慢性结肠炎，分为感染性结肠炎和非感染性结肠炎。感染性结肠炎包括慢性细菌性痢疾、慢性阿米巴痢疾、肠结核、血吸虫病；慢性非感染性结肠炎包括溃疡性结肠炎、Crohn病、缺血性结肠炎、放射性结肠炎、结肠憩室炎。
针对不同类型的结肠炎，采取不同的治疗方法。
肠结核需抗结核治疗；慢性溃疡性结肠炎和Crohn病治疗方法大体相同；放射性结肠炎须避免放射性再次损伤，通过激素治疗促进局部愈合；缺血性肠炎须针对原发病治疗，以增加局部的微循环。
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