常见的表现为发热、乏力、体重下降、肝脾肿大和淋巴结病。约50%的患者出现咳嗽、胸痛和呼吸困难，亦有部分病人可出现中枢神经系统、胃肠道以及皮肤受累表现，约10%的患者出现休克和多器官功能衰竭。
中枢神经系统组织胞浆菌病多有发热、头痛，若脑实质受累可出现抽搐、神志改变以及局灶定位体征。胃肠道组织胞浆菌病表现为发热、腹痛、腹泻以及体重下降。
1、急性肺组织胞浆菌病：起病急，发热、寒战、咳嗽、胸痛、呼吸困难，肺部可闻湿啰音，肝脾大，胸部X线检查可见弥漫性与多个浸润区，愈后再检查可见多个大小分布一致的钙化点为本病特征。
2、慢性肺组织胞浆菌病：可由肺部原发病灶蔓延而致，亦可为二重感染。病程长，肺部呈进行性、退化性病变。
任何年龄均可发病，2岁以下婴幼儿最多见，病死率高。
临床表现很似肺结核，发热、咳嗽、盗汗、乏力、体重下降，胸部X线检查见肺实变，以单或双侧上肺多见，部分患儿肺尖形成空洞。病情进行性加重，最终导致肺纤维化和肺功能减退。
3、播散性组织胞浆菌病：多数患儿免疫功能低下，1/3发生于婴幼儿。
起病急缓不一，全身症状明显，发热、寒战、咳嗽、呼吸困难、头痛、胸痛、腹痛、腹泻、便血、肝脾及淋巴结肿大，低色素性贫血、白细胞减少、血小板减少等。
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