黑手党3一共有五种结局，其中两个结局的达成条件是选择Rule together或Rule Alone，其他三个结局是根据Cassandra、Vito和Burke中挣钱最多的人决定。玩家可以通过S/L的方式在单周目解锁多种结局。
黑手党3结局介绍
第一种选择Rule together
Lincoln成功统治美国南部地盘还一路扩张，但是所有非法交易全部都搞（防和谐不再列举），只有老黑神父Father James觉得好孩子变坏了，特别不爽。其实这算好结局了，非法交易就算没有主角搞也会有别人搞。
第二种选择Rule Alone
把三个underboss全部打死，出门上车结果被汽车炸弹崩了。此时出门所有大门全锁死走不出去，一共有五辆车主角自己的，三个手下的，还有后院一辆小车。幕后老黑神父James终于露出真面目：不管你上哪辆车，五辆车全都装好了炸弹！（全部用枪把车打坏则卡关不能继续） 这是想把所有Lincoln一伙全搞死。不得不说，老黑神父隐藏得很深。死光光结局。
第三种选择开车离开
这时根据三个underboss谁挣的钱最多，就是谁最后统治的结局。一共有三种。Lincoln本人则是去西部船厂当了几年普通工人，泡了个妞没成功，之后全美国流浪。
海地妇女Cassandra结局：
黑大妈统治全城，邪恶遍地，政府不再拨款救助，最后城市毁于一场风暴和大水。因为没有政府援助这座城最后也没有重建。首领黑大妈消失，也许还在暗中统治着剩下的废墟但是已经没有人知道了。三个手下里面最渣的结局。
黑手党2男主角Vito结局：
二代男猪统治全城后重建了赌场，把城市带入辉煌，称为“南方拉斯维加斯”，Vito本人也一直在城里。这是三人里最好的结局。
爱尔兰大叔Burke结局：
大叔统治了16年，毒品走私猖獗，终于勾引了古巴黑帮，一场火拼，硬汉大叔打死了8个人之后被打死。城市仍然是走私泛滥的罪恶之城。算中等结局。
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