微生态制剂在儿科推荐作为主要药物使用的疾病：
1、腹泻病
腹泻病是益生菌药物临床应用和研究最多的疾病，益生菌能够通过补充肠道正常菌群、纠正菌群失调，分泌抑菌或杀菌物质和增强肠道局部免疫反应有效地清除病毒和细菌等机制，明显缩短腹泻病程、降低腹泻的严重程度，几乎可以应用于所有的腹泻病。
大量的临床及实验研究证实，绝大多数感染性腹泻病儿存在着肠道菌群紊乱。
对轮状病毒等病毒性肠炎，积极推荐早期使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、酪酸梭菌、芽孢杆菌和布拉氏酵母菌等益生菌药物。
对细菌或真菌感染性肠炎，在给予敏感抗生素或抗真菌药物治疗的基础上，推荐联合使用益生菌药物。
抗生素相关性腹泻和肺炎继发性腹泻主要由肠道菌群紊乱所致，针对其预防和治疗，积极推荐使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、酪酸梭菌、芽孢杆菌和布拉氏酵母菌等益生菌药物。
对艰难梭菌感染引起的伪膜性肠炎的防治，布拉氏酵母菌有更可靠的证据支持。
迁延性和慢性腹泻病病因复杂，但往往由于各种原因导致肠道菌群紊乱，在排除特定病因以外，建议使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、酪酸梭菌、芽孢杆菌和布拉氏酵母菌等益生菌药物。
2、功能性胃肠道疾病
功能性胃肠道疾病病因不明确，可能与肠道运动功能失调、内脏敏感性增高、粘膜免疫炎症、中枢和肠神经轴调节异常、肠道菌群紊乱等有关，目前缺乏有效的治疗。益生菌具有酸化肠道、改善排便和调节肠道免疫炎症反应的作用。
对功能性消化不良（包括小儿厌食症）、功能性便秘和功能性腹痛，推荐使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、枯草杆菌、酪酸梭菌等益生菌药物。此外益生元药物（乳果糖）对功能性便秘疗效确切，推荐使用。
肠易激综合征（IBS）是常见的功能性胃肠道疾病之一，近年的流行病学研究表明部分IBS患者发生在急性肠道感染之后，并且IBS的发病与抗生素使用有关；IBS
患者存在小肠细菌过度生长、结肠发酵异常和肠道菌群失调。
临床研究证实，某些益生菌能够全面缓解IBS的症状，推荐使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、酪酸梭菌和布拉氏酵母菌药物。
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