CT检查可用于全身各个部位，包括头、颈、五官、胸、腹、盆腔、脊柱和四肢等。
从理论上来讲，凡是病灶密度或形态发生改变的病变都适用于CT检查，包括肿瘤如肺癌、肝癌等，肿瘤样病变如囊肿、肉芽肿等，炎性病变如肺炎，遗传性病变如各种发育畸形，血管性疾病如动脉瘤、脑中风等，代谢性疾病如脂肪肝、氟骨症等。
但某些疾病如果不能引起明显的器质性改变则CT检查结果常常是阴性，例如上呼吸道感染(感冒)、急性胃肠炎、神经性头痛等等，CT检查的目的在于排除器质性病变，为临床确立诊断提供帮助。
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