衣原体感染要给予抗感染的药物治疗，不同的感染部位可以采用不同的抗感染的方法。衣原体可以造成人体多个部位发生感染。眼睛接触衣原体后可以发生衣原体性结膜炎，可以给予病人局部治疗，比如采用抗生素滴眼的方式进行治疗，同时要防止直接接触。
有些病人可以造成呼吸道感染，有些病人可以发生泌尿系感染，有些病人甚至可以造成神经系统的感染。对于严重的感染，需要全身使用抗生素，要选择对衣原体敏感的抗生素，必要时做药物敏感实验。
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