肾结核的治疗方法主要分为两类，一是进行药物治疗，二是进行手术治疗，手术治疗是不得已的选择，只有在药物治疗无效、患侧肾脏功能已经完全丧失，为了使无功能肾切除，以及防止结核进一步播散，导致输尿管和膀胱结核，可以将肾脏进行手术。
一般患者首选进行药物治疗。目前，一线抗结核药物包括异烟肼、利福平、吡嗪酰胺和乙胺丁醇。部分患者也可以使用链霉素进行一线抗结核治疗，但是链霉素具有较大的肾毒性和耳毒性，因此需要全面评估肾脏功能再行使用，对于上述四联用药可以进行全程足量足疗程的使用，有望将肾结核在早期达到彻底控制的目的。
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