唇腭裂的原因有很多，首先是遗传因素，通常认为唇腭裂是多基因遗传性疾病。其次还有内分泌影响，孕妇因为生理性、精神性、损伤性的原因，很有可能使得肾上腺皮质激素分泌增加。还有可能会影响到胎儿，从而导致唇腭裂。
如果患者服用了某些特殊药物，比如苯妥英钠，比如沙利度胺都有可能导致唇腭裂。
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