不明原因肺炎的临床表现主要是以发热，乏力，干咳为主，少数的患者可伴有鼻塞，流涕，咽痛和腹泻等症状。
重型的患者多在发病一周后出现呼吸困难和低氧血症，而严重型的患者可快速的进展成为急性呼吸窘迫综合征，难以纠正的代谢性酸中毒，脓毒症休克和出凝血功能障碍。
值得注意的是，在重型以及危重型患者的病程当中可出现中低热，甚至无明显发热的情况，轻型的患者仅仅表现为低热，轻微的乏力不适等，而无明显肺炎的表现。
从目前收治的病例情况来看，大多数患者预后良好，少数患者病情危重，儿童病例症状相对较轻。
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