服用蚓激酶后，个别患者可能会出现头痛、头晕、皮疹、皮肤瘙痒、嗜酸粒细胞增多、消化道症状，如出现恶心、呕吐、胃部不适、稀便次数增多，蚓激酶必须在饭前服用。
对于急性出血的病人不宜应用此药，有出血倾向的患者也需要慎重使用，因为蚓激酶是一类具有纤溶作用的酶复合物，可以降低纤维蛋白原含量，能够降低纤溶酶原激活物抑制的活性，还能够降低全血黏度及血浆黏度。
因此蚓激酶主要适用于纤维蛋白原增高，以及血小板聚集率增高的缺血性脑血管病的患者。
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