奥利司他胶囊的副作用主要有胃肠道不良反应，患者会表现为腹泻、水样便或者脂肪便、腹痛、恶心、呕吐等胃肠道症状。
比较少见有过敏反应，表现为皮肤瘙痒、弥漫性皮疹、荨麻疹、血管神经性水肿等。还有可能导致其他系统的感染，比如上下呼吸道感染、泌尿系感染等。药物有排脂作用，会有一些患者出现维生素缺乏，特别是有可能导致脂溶性维生素缺乏。
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