肛门处长疙瘩通常是由于患有性病、肛瘘或是肛周脓肿等疾病导致。
肛门长疙瘩一般可能考虑有性病，常见的性病为尖锐湿疣，是通过性生活传染的高危型HPV病毒。容易反复发作，不容易治愈。还可能是肛瘘，肛瘘在肛门外有一个外口，这个外口没有与内部相连通。呈圆状突起，从中间会有脓液等分泌物流出，有异味、微痛感。或者是肛周脓肿，体积比较大且疼痛感较为强烈，局部发热，由于皮肤破损细菌感染导致。可以通过用抗生素治疗，到后期成脓后需要手术排脓，方可痊愈。
如果发现以上的情况，建议尽快去肛肠科做具体诊断，然后对症治疗，避免贻误病情。
若是由于性病导致肛门处长疙瘩，通常治疗可以尽快去除肉眼可见的疣，改善可能出现的症状，减少复发为主。大多数患者的皮损在治疗后可以改善或消退，若不治疗症状可能会消失也可能会增多增大，通常经过正确的治疗后患者都会痊愈。
肛瘘的治疗通常以手术为主，其基本原则是清除病灶、通畅引流、尽量减少对肛门括约肌的损伤保护肛门功能。由于肛瘘的复杂性和某些特殊的病理背景，肛瘘术后有一定的复发率。盲目追求根治性手术，不应忽视可能出现的严重并发症。肛周脓肿的治疗可以使用抗生素来抵抗感染，也可以使用具有抗感染作用的外用软膏。在日常生活中，应该注意清洁肛门周围的皮肤。糖尿病、艾滋病、肠结核、炎症性肠病等疾病患者应积极治疗原发病，并及时复诊。
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