蓝鲸是鳁鲸属七个物种中的一种。但是DNA测序分析表明，蓝鲸比其属中的其它物种在种系上更接近驼背鲸和灰鲸。关于蓝鲸/鳍鲸杂交的成年后代至少有11项文献记载。阿伦逊和格尔伯格(1983年)认为蓝鲸和鳍鲸的差别类似于人类和大猩猩的差别。普遍认为鳁鲸科早在渐新世中期就和须鲸亚目的其他科分离。
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