保证企业自主经营分三步走。
第一步是组织划分，赋权经营。让大企业的大组织，在运转的过程中仍能保持小企业小组织的活力与创新。
用大企业的思维来做小企业，小企业才能做大；用小企业的手法来经营大企业，大企业才能做强。组织划分，可以按照价值链创造的环节、按照经营区域、按照产品线等等不一而足，选择的标准就是哪种方式能最大效率、最快速度地满足市场需要。其中最关键的环节是，划分后的组织要有完成工作目标的相应权限。
而且需要注意的是，赋权不是说所有的决策都要让一线自主决定，而是指决策体系要到达基层，让一线参与到经营中来，提升企业对市场环境和客户需求的反应速度。
第二步是将划分后的组织联动起来，仍能保持大企业资源共享、规模效应等优势。阿米巴是表象，解决企业发展问题是本质。企业的经营表面上是“分”——分权、分责、分钱，但实际上更强调“合”——合目的、合目标、合应对和满足客户需求，分只是手段，合才是目的。组织划小之后仍然能保持“合”，这是自主经营最大的挑战。关于划分的组织如何“合”起来，有很多方式，稻盛和夫先生的阿米巴经营将经营哲学的力量发挥到了极致。欧美企业和国内很多企业则更强调机制的力量，一方面是通过目标管理的方式，另一方面在激励机制上进行科学设计。
第三步开展PDCA循环改善。让基层组织通过鲜活的经营数字，与目标对比观察，使基层员工获得经营上的锻炼，不断提高经营意识与经营能力，真正将赋予的权限发挥出应有的效用。
自主经营就是指企业能够独立自主地对自己生产和经营活动作出决策和经营管理的权利.企业自主经营是市场机制发挥作用的基础.企业如果不能自主经营就难以对市场信号作出反应并进行决策。要想保证自主经营。必须有国家授予其经营管理的财产享有占有、使用和依法处分权利在国家宏观调控指导下能够生产经营
如何保证企业的自主经营？要保证企业的自主经营，首先要把市场活动还给企业，充分发挥企业的自主创新，充分调动企的生产积极性。其次，政府要大力支持企业的发展，从资金上技术上扶持企业，内企业的发展提供好的条件。保证企业的自主经营。
国有企业经营自主权,参照《全民所有制工业企业转换经营机制条例》,含生产经营决策权\物资采购权\投资决策权\劳动用工权等14项权利;集体\私营\三资企业\个体户等享有更广泛的经营自主权.行政机关若实施干预\截留\取消
参考资料：限制法律赋予相对人在从事生产经营活动中,对其财产占有\使用\处分及人财物等自主权,相对人可提起行政诉讼
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