木瓜蛋白酶具有消炎、利胆、止痛等功效。
木瓜蛋白酶还可以帮助蛋白消化，可以用于慢性消化不良及胃炎等，也可用于腹腔注射防止粘连。
还可以用于治疗患者的妇科疾病以及青光眼等疾病，同时还可以用于治疗患者的关节退行性变、血型鉴别以及昆虫叮咬等症状。该药物可能具有促进血液循环以及改善肌肤等作用。
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