强直性脊柱炎的病因到目前为止还不十分清楚，但是很多研究发现强直性脊柱炎是一种自身免疫性疾病，和感冒等外来感染有很多不同。
强直性脊柱炎在一定遗传基因的背景基础上得病，和强直性脊柱炎发病的相关基因很多，最重要的HLA-B27基因，所以怀疑强直性脊柱炎建议做基因检测，这是强直性脊柱炎患病的易感基因。
除此以外，导致强直性脊柱炎的诱发因素还包括吸烟、污染、病毒感染等因素，和强直性脊柱炎的发病相关。
在诱因的作用基础上，当B27等基因阳性时，导致自身免疫系统发生紊乱，最终出现附着点，即肌肉、肌腱等附着在骨头的地方发炎，导致强直性脊柱炎的发生。
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