中国地质科学院院部设有办公室、科学技术处、地质调查处、实验管理处、经济管理处、国际合作处、组织人事处（安全生产处）、计划财务处、党群工作处、监察审计处、基建处（基地办）、研究生部等12个职能处室，信息中心、京区离退休职工管理中心、京区后勤服务中心等3个中心，国家地质公园网络中心、深部探测研究中心、青藏高原研究室等3个业务部门。
国际地质科学联合会秘书处、中国国际地球科学计划全国委员会秘书处、世界数据中心中国地质学科数据中心、国际地质科学联合会地质遗产北京办公室等国际地学组织与相关机构，中国地质学会、李四光地质科学奖基金会、全国地层委员会等办事机构，国土资源部重点实验室和野外科学观测研究基地办公室挂靠在中国地质科学院。
2014年末，院部职工总数433人，包括在职168人，离退休265人；在职职工中具有本科以上学位的112人，硕士以上学位的60人；在职职工中专业技术人员81人，其中院士2人，研究员及教授级高工12人，副研究员及高级工程师20人，中级职称22人，初级职称25人；具有博士学位的17人、硕士学位的26人、本科28人，大专及以下10人。
《科学新闻》杂志出版了“深部探测技术与实验研究”专项“入地中国梦”特刊
年度重要科研成果
深部探测技术与实验研究专项（Sinoprobe）完成第一阶段（2008～2012年）任务。专项完成了第一阶段49个课题的结题验收，并召开专项领导小组第五次会议。在《Tectonophysics》、《岩石学报》、《地质学报》等国内知名杂志出版深部探测专项成果专辑，在《地学前缘》发表题为“深部探测揭示中国地壳结构、深部过程与成矿作用背景”的专项成果总结文章。专项已与科学出版社协商并签订合同，计划由科学出版社出版《中国深部探测系列专著》丛书，共12本专著，全面反映专项成果。专项已发表论文1030篇，其中国际SCI检索论文240篇、国内SCI检索论文212篇、EI检索论文68篇；出版专著8部；申请和获准专利121项，其中发明专利49项、实用新型专利34项，软件著作权30项，外观设计专利6项，标准2项。深部专项5000吨大压机项目进展顺利，进入委托研制阶段。专项在第一届中国地球科学联合学术年会（2014年10月20～23日）召开之际，组织了专项专场报告会和5个分会场的专题报告会，取得较好反响。根据数据共享方案，2014年底提前释放了第一批探测数据，拟通过会员分级制度共享专项探测数据。松辽盆地科学钻探工程（CCSD-SK）正式开钻，SinoProbe专项研制的“地壳一号”万米钻机运转正常。
“地壳一号”万米钻机模型甘肃柳园月球实验场和Apollo14号月表情况对比（非常接近，且已经确定该实验场点）
“地外重点地区遥感资料应用研究”和“月球和火星实验场建立和对比研究”取得进展。建立月表三大岩类形成年龄和月海玄武岩单元划分图，并利用撞击坑确定月表相对年龄；处理和解算GRAIL数据建立120阶次月球重力场特征，建立月球布格重力场；开展月球微型钻机的改进，最终提交改进版样机；提取嫦娥二号伽马能谱数据处理和元素，获取天然放射性元素U，Th，K含量全月分布图；选定了甘肃柳园和河北汉诺坝的玄武岩地区作为月球实验场的选址；开展火星盐类环境类比及天体生物学研究，获得柴达木盆地盐湖演化过程及基于微生物进化过程的协同规律。
利用LRO地形数据和GRAIL自由空气重力异常计算得到的0.25度网格（330阶次，精度16千米）月球布格重力异常图
全国陆相地层划分对比及海相地层阶完善。中国杜内阶新亚阶取得重要进展，并成为竞争国际杜内阶中间界限层型的潜在剖面；在蓟县中—新元古界标准剖面铁岭组和雾迷山组首次发现斑脱岩，并测得其锆石SHRIMP U-Pb同位素年龄约1440Ma［（1439±14）Ma］和约1485 Ma［（1483±13）Ma和（1487±16）Ma］，标志着这条传统的标准剖面上以碳酸盐岩为主体的沉积序列蓟县系上部的两个重要地层单位，从此也获得了直接的、高精度的锆石U-Pb同位素年龄约束。
重新厘定的华北北缘中元古界地层划分方案
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