真菌分为浅部真菌和深部真菌。真菌性肠炎即属于深部真菌病。
浅部真菌（癣菌）仅侵犯皮肤、毛发和指（趾）甲，而深部真菌能侵犯人体皮肤、黏膜、深部组织和内脏，甚至导致全身播散性感染。
深部真菌感染肠道即症状为真菌性肠炎，可独立存在如婴儿念珠菌肠炎，或为全身性真菌感染的表现之
一，如艾滋病并发播散性组织胞浆菌病。
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