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被子植物的分类系统较多，尚无完全统一的看法和比较完美的分类系统。在当前，影响较大的分类系统，主要有以下四个（１９９９年，Judd等人在《PlantSystematics》一书中发表了一个维管植物新分类系统，还有待认可）：
一、恩格勒系统
德国植物学家恩格勒（A.Engler）于１８９２年编制的一个分类系统。在他与普兰特（K.Prantl）合著的《植物自然分科志》（１８９７）和他自己所著的《植物自然分科纲要》中均应用了他的系统。该系统的要点如下：
１、赞成假花学说，认为葇荑花序类植物，特别是轮生目、杨柳目最为原始。
２、花的演化规律是：由简单到复杂；由无被花到有被花；由单被花到双被花；由离瓣花到合瓣花；花由单性到两性；花部由少数到多数；由风媒到虫媒。
３、认为被子植物是二元起源的；双子叶植物和单子叶植物是平行发展的两支；在他所著《植物自然分科纲要》一书中，将单子叶植物排在双子叶植物前面，同书１９６４年的第１２版，由迈启耳（Melchior）修订，已将双子叶植物排在单子叶植物前面。
４、恩格勒系统包括整个植物界，将植物界分为１３门，１～１２门为隐花植物，第１３门为种子植物门。种子植物门分为裸子植物亚门和被子植物亚门。裸子植物亚门分为６个纲；被子植物亚门分为单子叶植物纲和双子叶植物纲。整个被子植物分为３９目，２８０科。但１９６４年经Melchior修订，分被子植物为６２目，３４４科。
５、恩格勒系统图是将被子植物由渐进到复杂化而排列的，不是由一个目进化到另一个目的排列方法，而是按花的构造、果实种子发育情况，有时按解剖知识，在进化理论指导下作出了合理的自然分类系统。
恩格勒系统是被子植物分类学史上第一个比较完善的分类系统。到目前为止，世界上除英法以外，大部分国家都应用该系统。我国的《中国植物志》，多数地方植物志和植物标本室，都曾采用该系统，它在传统分类学中影响很大。然而，该系统虽经Melchior修订，但仍存在某些缺陷。如将葇荑花序类作为最原始的被子植物，把多心皮类看作较为进化的类群等，这种观点，现在赞成的人已经不多了。
二、哈钦松系统
哈钦松（J.Hutchinson），英国著名植物分类学家。著有《有花植物科志》一书，分两册于１９２６年和１９３４年出版，在书中发表了自己的分类系统。到１９７３年已经几次修订，原先的３３２科增至４１１科。该系统要点如下：
１、赞成真花学说，认为木兰目、毛茛目为原始类群，而葇荑花序类不是原始类群。认为被子植物是单元起源的；单子叶植物起源于毛茛目。
２、花的演化规律是：花由两性到单性；由虫媒到风媒；由双被花到单被花或无被花；由雄蕊多数且分离到定数且合生；由心皮多数且分离到定数且合生。
３、双子叶植物在早期就分为草本群、木本群两支。木本支以木本植物为主，其中有后来演化为草本的大戟目、锦葵目等，以木兰目最原始，有５４目，２４６科。草本支以草本植物为主，但也有木本的小檗目等，以毛茛目最原始，有２８目，９６科。分单子叶植物为三大支：萼花群１２目２９科，瓣花群１４目３４科，颖花群３目６科。
哈钦松系统把多心皮类作为演化起点，在不少方面正确阐述了被子植物的演化关系，有很大进步。该系统问世后，很快就引起了各国的重视和引用。但这一系统也存在某些问题，即将双子叶植物分为木本群和草本群，人为性较大，为一些分类学者所不赞成。半个世纪以来，许多学者对此进行了多方面修订，塔赫他间系统、柯朗奎斯特系统都是在此基础上发展起来的。
三、塔赫他间系统
塔赫他间（A.Takhtajan），苏联植物学家，于１９５４年出版了《被子植物起源》一书，发表了自己的系统，到１９８０年已作过多次修改。该系统的要点如下：
１、赞成真花说，认为被子植物可能来源于裸子植物的原始类群种子蕨，并通过幼态成熟演化而成；主张单元起源说。
２、认为两性花、双被花、虫媒花是原始的性状。
３、取消了离瓣花类、合瓣花类、单被花类（葇荑花序类）；认为杨柳目与其它葇荑花序类差别大，这与恩格勒和哈软松系统都不同。
４、草本植物是由木本植物演化而来；双子叶植物中木兰目最原始，单子叶植物中泽泻目最原始；泽泻目起源于双子叶植物的睡莲目。
塔赫他间１９８０年发表的分类系统中，分被子植物为２纲，１０亚纲，２８超目。其中木兰纲（双子叶植物纲）包括７亚纲，２０超目，７１目，３３３科；百合纲（单子叶植物纲）包括３亚纲，８超目，２１目，７７科；总计９２目，４１０科。
塔赫他间的分类系统，打破了离瓣花和合瓣花亚纲的传统分法，增加了亚纲，调整了一些目、科，各目、科的安排更为合理。如把连香树科独立为连香树目，把原属毛茛科的芍药属独立成芍药科等，都和当今植物解剖学、染色体分类学的发展相吻合，比以往的系统前进了一步。但不足的是，增设“超目”分类单元，科数过多，似乎太繁杂，不利于学习与应用。
四、柯朗奎斯特系统
柯朗奎斯特（A.Cronquist），美国植物分类学家，１９５７年在所著《双子叶植物目科新系统纲要》一书中发表了自己的系统，１９６８年所著《有花植物分类和演化》一书中进行了修订，１９８１年又作了修改。其系统要点如下：
１、采用真花学说及单元起源观点，认为有花植物起源于已绝灭的原始裸子植物种子蕨。
２、木兰目为现有被子植物最原始的类群。单子叶植物起源于双子叶植物的睡莲目，由睡莲目发展到泽泻目。
３、现有被子植物各亚纲之间都不可能存在直接的演化关系。
４、分被子植物为木兰纲（双子叶植物）和百合纲（单子叶植物）。木兰纲包括６个亚纲，６４目，３１８科；百合纲包括５亚纲，１９目，６５科；合计１１亚纲，８３目，３８３科。
柯朗奎斯特系统接近于塔赫他间系统，但个别亚纲、目、科的安排仍有差异。该系统简化了塔赫他间系统，取消了“超目”，科的数目有了压缩，在各级分类系统的安排上，似乎比前几个分类系统更合理，更完善。但对其中的一些内容和论点，又存在着新的争论。例如单子叶植物起源问题，塔赫他间和柯朗奎斯特都主张以睡莲目发展为泽泻目，塔赫他间还具体提出了“莼菜──泽泻起源说”。但日本的田村道夫提出了由毛茛目发展为百合目的看法。我国杨崇仁等人，在１９７８年，从５种化学成分的比较上，也认为单子叶植物的起源不是莼菜──泽泻起源，而应该是从毛茛──百合起源。他们所分析的５种化学成分中的异奎琳类（一种生物碱）在单子叶植物中多见于百合科，在双子叶植物中，毛茛科是这种化学成分的分布中心。而睡莲目迄今未发现有这种生物碱的存在。
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