手术器械消毒的方法有很多种，目前最常用的是高压蒸汽灭菌，其原理是高压蒸汽的灭菌达到一定的温度和时间，即可以杀死所有微生物，包括芽孢，而高压蒸汽灭菌法主要适用于手术器械、手术衣巾等的灭菌。此外，也有化学气体灭菌法，主要适用于高温不能耐受的湿热环境，如内窥镜、光学仪器等医疗材料的灭菌。另有沸水消毒法，适用于金属器具，玻璃制品及橡胶制品的消毒。药物浸渍法适用于外科手术器械及内窥镜的消毒。另外还有干热杀菌和电离辐射消毒等方法。
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