运输发票是可以抵扣的。原因如下：
1、根据《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》(国税发192号)规定:增值税一般纳税人外购和销售货物所支付的运输费用，准予抵扣的运费结算单据(普通发票)，是指国营铁路、民用航空、公路和水上运输单位开具的货票，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票准予计算进项税额扣除的货运发票种类，不包括增值税一般纳税人取得的货运定额发票。
2、公路内河运输发票先去国税局认证，认证通过后申报抵扣。
3、铁路、航空、海洋运输发票先通过“通用税务采集软件”或“电子申报软件”采集，由申报时报盘和清单抵扣。
所以运输发票是可以抵扣的。
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