对于非典的治疗，为了防治细菌感染，应使用抗生素覆盖社区获得性肺炎的常见病原体，临床上可选用大环内酯类，如阿奇霉素等、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、四环素类等，如果痰培养或临床上提示有耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染或耐青霉素肺炎链球菌感染，可选用万古霉素等。
除此之外，至今尚无肯定有效抗病毒药物治疗，治疗时可选择试用抗病毒药物。
非典多数病人在发病十四天后进入进展期，应密切观察病情变化，检测症状，体温，呼吸频率，血氧分压，血象，胸片，心肝肾功能等。
卧床休息，避免劳累，注意保持水电解质平衡，咳嗽剧烈者给予镇咳处理。发热超过三十八点五摄氏度者，可给予物理降温，如局部冰敷，乙醇擦浴，降温毯等。
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