南部阳一郎1921年出生于日本福井县。出生于日本东京，2岁时移居福井市。现为大阪市立大学名誉教授，同时也是福井市荣誉市民。从福井县立藤岛高中毕业后，他进入东京帝国大学（1947年起更名为东京大学）理学部物理系学习，于1942年和1952年分别获得学士和博喊蚂棚士学位。1949年，南部阳一郎被大阪市立大学聘为副教授，次年升为教授，当时年仅29岁。
1952年，南部阳一郎应邀赴美郑则，到普林斯顿高等研究院进行访问研究。1956年起，任芝加哥大学副教授，1958年升任教授。
1970年加入美国国籍。1991年被授予芝加哥大学恩里科费米研究所名誉物乎教授。同年，与后藤铁男合作研究提出“南部－后藤理论”，后虽证明该理论是错误的，但1984年因发表超対称性弦理论（超弦理论）而再次引人注目。
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