硫酸小檗碱主要是用来治疗敏感菌和密螺旋体感染引起的旭禽、黄痢、白痢、肠炎、水肿疾病、副伤寒等猪传染性胃肠炎、流行性腹泻、久泻不止、恶性腹泻、季节性拉稀、剧烈水样腹泻、呕吐。
治疗各种家畜菌病毒感染引起的食欲减退或者是不吃、顽固性耐药性重度下痢，特别对宰猪黄白红痢有特效的。对于治疗犊牛、幼驹、羔羊、崽猪、犬、猫、兔、鹿的各种痢疾、水泄、冬季性腹泻等都有很好的作用。也用于治疗副伤寒引起的下痢、呼吸困难、皮肤紫色斑点、不明原因的泻痢等症状。
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