按照目前的技术，母乳性黄疸的发病原理还不是很清晰，目前主要认为一方面与母乳喂养不当，摄入不足有关，肠内蠕动减少或开奶延迟，肠道菌群建立晚，缺乏转化胆红素的菌群，可使结合胆红素排泄减少;另一方面可能与新生儿胆红素代谢的肠肝循环增加有关。
还有研究表明新生儿小肠内的葡萄糖醛酸苷酶含量多，活性高，可催化结合胆红素变成未结合胆红素，使大量应排泄的胆红素吸收增加，即出现母乳性黄疸。
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