直肠阴道瘘发生的原因有先天性因素和后天性因素。先天性因素如先天性畸形、先天性发育不良。后天性因素常见，病因复杂，常见于产伤、妇科、盆腔手术、晚期癌症、感染、放射性损伤、性犯罪或性暴力、直肠癌术后直肠吻合口瘘等。
肛门直肠周围感染形成脓肿，不及时治疗，脓肿穿透直肠阴道隔，导致直肠阴道瘘形成。直肠阴道贯通伤，可直接造成直肠与阴道间通道。结直肠外科手术或肿瘤放疗，医源性损伤，破坏直肠阴道隔结构，均可导致直肠阴道瘘。
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