水银体温计的消毒通常是用酒精来浸泡或者用酒精擦拭。
水银温度计通常的消毒方法是用清水清洗使用过的温度计，用纱布擦拭并将其甩到35摄氏度以下，放入含百分之75酒精消毒剂的盒子中，用液位盖住所有温度计，浸泡30分钟。特殊感染患者使用的温度计在常规治疗前用2000mg/l氯消毒液浸泡30分钟，消毒剂每天更换一次，浸泡后取出，用清水冲洗，干燥后备用。如果在家中使用，可以采取简单的消毒步骤。测量体温后，体温可以降到35摄氏度左右。首先，用清水清洗，然后用百分之75酒精棉球擦拭或在酒精中浸泡5分钟，然后用冷开水浸泡。放在清洁盒中，以便下次使用。
建议水银温度计应放置在儿童不易接近的地方，或更换为电子温度计，以防止水银破裂后流出而引起汞中毒，并对身体造成严重损害。
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