甲硝唑常见的副作用是胃肠道的反应，如恶心、食欲减退、呕吐、腹泻、腹部的不适，味觉的改变，口干、口腔金属味等。
就是一个可逆性的粒细胞减少。
还有就是过敏反应。比如说有皮疹、荨麻疹、瘙痒，中枢神经系统的症状。
比如说有头痛、眩晕、晕厥。
感觉与肢体麻木以及共济失调和精神的错乱。
最严重的不良反应，就是高剂量的时候，可以引起癫痫的发作和周围神经病变。
孕妇和饮酒的患者也是禁止应用的。
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