军团菌属最具代表性的是嗜肺军团菌，其他军团菌统称为非嗜肺军团菌。嗜肺军团菌分为不同血清型，可引起肺炎和庞提阿克热。大多数非嗜肺军团菌感染表现也为肺炎。这两类军团菌治疗药物基本相同。目前公认的治疗军团菌的首选药物为红霉素。轻症患者可口服红霉素1-2g/d，分次口服。中、重症军团病患者，需要静脉滴注红霉素，2g/d，临床症状好转后可改为口服，疗程至少三周。
另外，还有些抗菌药物有明确的抗军团菌效果，包括大环内酯类、利福霉素类、氟喹诺酮类、四环素类抗菌药。可选用的药物有环丙沙星、加替沙星、莫西沙星、曲伐沙星、左氧氟沙星、阿奇霉素等。
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