磁共振的应用非常广泛，能检查的部位也非常多，包括全身各脏器的磁共振平扫和增强；全身肌肉软组织，骨骼及关节的磁共振成像；脊柱、脊椎磁共振成像，全脊柱磁共振成像；脑动脉，颈动脉，主动脉，肾动脉大血管的磁共振血管成像，其中脑、颈动脉成像可不使用造影剂。
磁共振水成像包括内耳，胆道系统，肾盂输尿管膀胱；全身肿瘤磁共振灌注成像，类PET成像；一站式心脏成像；乳腺的平扫，增强扫描及灌注扫描。
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