北京科兴疫苗的不良反应比较少，可能会出现注射部位疼痛等轻症症状，通常可以忍受，可以自行消失。但是在少数情况下也可能出现过敏反应，所以接种疫苗后需要在预防接种门诊留观30分钟，注意观察自身反应。
北京科兴疫苗属于新型冠状病毒灭活疫苗，属于新型冠状病毒疫苗的一种，新型冠状病毒灭活疫苗通过非洲绿猴肾细胞进行病毒培养扩增，然后灭活病毒，保留抗原成分以诱导机体产生免疫应答，并加用氢氧化铝佐剂提高免疫原性，从而达到预防疾病的作用。其安全性良好，在临床前研究或生殖毒性研究中均未发现安全问题。
但是接种疫苗后可能会出现常见的不良反应，如注射部位疼痛、头痛、疲劳和肌肉痛，多为轻或中度症状。部分人在接种疫苗后，由于注射部分受到针刺，可能会出现局部疼痛、肿胀或硬结情况，部分人可能因为疫苗成分刺激而出现发热症状，还可能会出现乏力、腹泻、肌痛、咳嗽、咽痛、恶心、食欲不振等症状，通常症状比较轻微，无需特殊治疗，可以自行好转，无需担心。
如果对科兴疫苗中的成分过敏，可能在接种后会出现过敏反应，部分人会出现皮疹、皮肤瘙痒等比较轻微的症状，严重时会出现胸闷、呼吸困难、休克等情况，此时需要积极进行处理，一般需要变态反应科医生或者是急诊科医生通过视诊、血常规检查等明确具体情况，积极给予治疗，比如吸氧等。
建议在接种前告知医生自己是否有疫苗过敏的情况，如果对接种疫苗中的成分过敏，应避免进行接种，可以在医生建议下接种其他类型的新型冠状病毒疫苗。
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