细菌性阴道炎的治疗，以抗厌氧菌药物治疗为主，可口服药物，也可阴道内使用栓剂或者软膏。孕妇通常需要口服药物，而哺乳期以局部用药为主。妊娠合并细菌性阴道病时，治疗细菌性阴道病，可以缓解阴道感染的症状和体征，降低细菌性阴道病相关感染的并发症，和减少艾滋病感染的风险。
细菌性阴道病复发者可以选择，与初次治疗不同的抗厌氧菌药物。也可以使用阴道乳杆菌制剂恢复，并且重建阴道的微生态平衡，根据病情适当延长治疗时间，通常没有必要治疗。患细菌性阴道病女性的男性性性伴侣，但是细菌性性阴道病可以在女性性性伴侣之间传播，因此女性性伴侣应该到医院进行检测，必须要治疗。
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