病毒灵的副作用一般是不大的。
常见的副作用有出汗，食欲不振，胃肠不适，低血糖，皮肤瘙痒的症状，病毒灵与扑尔敏，维生素C合并应用，可减轻上述的副作用，少见的不良反应有结膜炎和低血压，结膜炎表现为眼内异物感，怕光，瘙痒，红眼和水肿，而低血压，表现为视力模糊，头晕乏力，长期大剂量的应用可能会导致可逆性的贫血，白细胞下降，偶有胃肠道不适或肝功能异常，偶尔有血清氨基转移酶升高，停药后，均可以恢复，在动物实验中，病毒可导致畸胎。
在临床上，病毒灵主要用于流感，流行性腮腺炎，水痘疱疹，滤泡性结膜炎的防治。
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