慢性真菌性肠炎会引起消化不良、腹泻等症状，多少会影响妇女怀孕，因长期便秘或腹泻，导致中气下陷，引起胎元不固，形成流产。还有怀孕后腹泻容易导致羊水过少，导致胎儿窘迫等情况。所以建议慢性肠炎患者先药物调理好后再打算备孕，但忌用止泻药。
慢性肠炎因身体虚弱、抵抗力差，建议在饮食上要注意卫生，可以吃高热量、高维生素、低脂肪食物，不吃生冷、坚硬及变质食物，不喝酒，不吃辛辣刺激性强的调味品，避免吃易过敏性食物，另外，要注意的是平时还要加强锻炼。
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