小儿肛瘘主要就是在肛瘘外口适当的扩创，然后把里面的坏死组织、脓液排干净，解除当时的症状，随着年龄的增长，可能慢慢的自行就愈合了。
小儿肛瘘也是由于肛线感染引起的，小儿肛瘘也有特殊的地方，小孩的肛线组织要比成年人的更为发达，这也是容易导致小孩发生肛瘘的一种原因，但是小儿的肛瘘通常不采取肛瘘切开根治的办法，因为小儿的肛线随着小儿年龄的增长，有很多肛线是会慢慢退化的，退化以后肛瘘感染的内口可能就不存在了，小儿的肛瘘是有一定自愈的倾向的。
另外由于小儿肛门周围的括约肌发育的还不是很完善，是比较薄弱的，如果在患者年龄比较小的时候，硬要做肛瘘切开根治的手术，容易损伤到小孩过多肛门括约肌的组织，有可能会影响以后肛门的功能。
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