首都医科大学附属北京妇产医院北京妇幼保健院创建于1959年6月，其前身是直属中央卫生部的北京妇幼保健实验院。经过50年的建设和发展，目前已发展成为集医疗、保健、教学、科研为一体，以诊治妇产科常见病、多发病和疑难病症为重点的国内知名的三级甲等妇产专科医院。
我国著名妇产科专家林巧稚是首任院长。
1984年被世界卫生组织（WHO）批准为围产保健研究和培训合作中心，1999年更名为WHO母婴和妇女保健研究及培训中心，1992年成为我国首批符合国际标准的爱婴医院之一，1994年被首都医科大学批准为首都医科大学附属北京妇产医院，同年建立了妇产科学硕士研究生培养点，2002年成为首都医科大学妇产科博士生培养点，2005年首批通过技术准入，成立遗传诊断研究中心，北京市产前诊断中心。
16次获得首都文明单位荣誉称号。
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