有以下症状！
（一）免疫功能正常者的隐孢子虫病潜伏期一般为7～10天（5～28天）。主要表现为自限性腹泻，日5～10次，以水样便为多见，或为粘液稀便，持续数日自愈、偶可持续1月左右。可伴纳减、恶心、呕吐、上腹部痛（多为间歇性、轻度），少数病人可有低热、头痛、全身不适、乏力。体重可轻度下降。血象大多正常。婴幼儿可有脱水、电解质紊乱。偶见反应性关节炎。
（二）免疫功能缺损者的隐孢子病潜伏期难以确定。症状多而重，持续时间长。患者常有霍乱样腹泻，日多达数十次、量达1升至10+L/d，患者常有水电解质紊乱及体重下降，甚至呈恶病质。
隐孢子虫尚可引起喉-气管炎、肺炎等呼吸道感染，可同时伴卡氏肺孢子虫肺炎、巨细胞病毒感染，X线检查显示肺纹理增深、间质性肺炎等。
胆囊感染见于10％AIDS伴隐孢子病患者，表现为急性胆囊炎或硬化性胆管炎，患者不一定有腹泻；本病伴胰腺炎、肝炎者亦有所见，从胆汁、胰液或肝活检胆管上皮细胞找到隐孢子虫即可确诊。
播散型隐孢子虫病往往于尸解时发现。
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