仙三外传的故事情节是由于未知的原因导致蜀山仙境开始崩坏，地脉门户大开。前往探查的蜀山长老及弟子，被地脉中抵克蜀山仙术的瘴气化去功力，苦战不敌妖众，悉数殒命。掌门徐长卿临危授命，责令自小长在蜀山却一直未被收入门下的少年--南宫煌，携带书信前往绿萝山，求助于掌握蜀山秘宝五灵轮的清冷仙人。清冷仙人遂收南宫煌入绿萝门下，并将五灵轮与之身合，开启地脉入口，疏通五灵，从而使蜀山"否极泰来"、回复混沌状态。地脉之旅就此启程。同时，随父从军被室韦国王看中选为和亲对象的大力女温慧，为了逃婚，来到和母亲有莫名渊源的蜀山，和无意中救下的乖巧女孩儿王蓬絮一起加入了南宫煌的队伍。在旅程中，他们又结识了身中剧毒的里蜀山少主星璇、勾魂失败滞留人间的鬼差雷元戈。后来经历的一系列冒险，最终发现所有事情的幕后黑手是燎日，消灭了燎日，游戏有3个结局不管是喜剧的结局还是悲剧的结局都编的挺好的，特别是温慧远嫁室韦时场景让人联想到了昭君出塞很伤感。整个故事围绕“问情”这一主题，主配角对于感情的态度让人不禁联想到主题曲《仙剑问情》中那句“不羡鸳鸯不羡仙”。与仙三的主要联系是仙三外传故事发生在仙三故事结束的18年后，仙三的很多主配角都在仙三外传中登场：徐长卿是蜀山掌门，是他派南宫煌调查地脉问题的。18年前他不明白紫萱的的苦心，不明白紫萱为了跟他在一起付出了多少，不明白紫萱到底爱他有多深，18年后他为了紫萱可以放弃一切包括蜀山和成仙，同样为了紫萱可以尽全力帮助她的族人。“心已厌倦，身却不得不浸染红尘，紫萱……何苦将你修为给我呢？修仙非我愿，蜀山壮大亦非我现在所愿，年至半百才知心中真愿，半生皆错啊！……紫萱，纵然你能谅解我，我自己又怎能不悔？”这一句话可以看出18年后徐长卿内心的悲痛与后悔，最后他辞去了掌门职务而归隐。（紫萱即使在死后她还一直想着徐长卿，温策炮轰锁妖塔时重楼本想对徐长卿出手，可是他感应到了紫萱的力量在帮徐长卿就放弃了。）景天是新安当的老板，唐雪见是老板娘，尽管唐雪见比温慧还凶，但景天一直深爱着她，2人育有一子名为景小楼，景小楼将景天的镇妖剑送给了主角南宫煌（这里还是有点心痛的，毕竟镇妖剑是龙葵在仙三最后舍身重铸而成的）。夕瑶被神界剥夺了形体，其精神化作亿万精灵，继续守在神树根系，以做滋养。夕瑶的精神只残存了些法术，发出“飞蓬”、“夕瑶”之声，主角们本想帮她给飞蓬的转世带个讯，但她拒绝了，只要飞蓬现在过得好就可以了。重楼在仙三外传中多次帮助过主角们如助星璇灵肉结合，在温策炮轰重楼现身抵消所有炮弹并将温策大军消灭。在他心中最重要的就是景天（朋友）和锁妖塔（紫萱的化身），一直希望景天能和自己一起归隐，紫萱的死是他心中难以愈合的痛，不予许锁妖塔有任何损伤。
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