曲阜师范大学数学科学学院原名数学系，始建于1955年，1956年设置数学本科专业。1985年在运筹学研究室的基础上成立了全国高校第一个运筹学研究所，1987年在自控研究室的基础上成立了自动化研究所。1992年新增了计算机科学教育专业，1994年更名为数学与计算机科学系，2001年又分为数学系和计算机科学系，2002年成立了数学科学学院。
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