尖锐湿疣的治疗必须采用综合治疗。1.治疗诱因（包皮过长、阴道炎、包皮龟头炎、淋病等）。2.提高机体免疫力。3.化学治疗（1）0.5%鬼臼毒素酊（或宏敏手0.15%霜） 适用于治疗直径≤10mm的生殖器疣，临床治愈率可达90%左右。用药疣体总面积不应超过10cm2，日用药总量不应超过0.5ml。用药后应待局部药物自然干燥。副蔽嫌作用以局部刺激作用为主，可有瘙痒、灼痛、红肿、糜烂及坏死。另外，此药有致畸作用，孕妇忌用。（2）5%咪喹莫特霜 治疗尖锐湿疣，疣体的清除率平均为56%。该疗法的优点为复发率低，约为13%。拿桥出现红斑不是停药指征，出现糜烂或破损需要停药并复诊，由医生处理创面及决定是否继续用药，副作用以局部刺激作用为主，可有瘙痒、灼痛、红斑、糜烂。妊娠期咪喹莫特的安全性尚未确立，孕妇忌用。（3）80%～90%三氯醋酸或二氯醋酸 需由医生实施治疗。使用时，在疣损害上涂少量药液，待其干燥，此时见表面形成一层白霜。在治疗时应注意保护周围的正常皮肤和黏膜，如果外用药液量过剩，可敷上滑石粉,或碳酸氢钠（苏打粉）或液体皂以中和过量的、未反应的酸。此药不能用于角化过度或较大的、多发性以及面积较大的疣体。不良反应为局部刺激、红肿、糜烂等。4.冷冻疗法利用-196℃低温的液氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落，操作简便、高效，病人易耐受。本法适用于数量少，面积小的湿疣，可行1～2次治疗，间隔时间为一周。5.激光治疗通常用CO2激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣，对单发或少量多发疣体可行一次性治疗，对多发或面积大的疣体可行2～3次治疗，间隔时间一般为一周。6.电灼治疗采用高频电针或电刀切除湿疣。本疗法适应数量少，面积小的湿疣。7.氨基酮戊酸光动力学疗法（ALA-PDT疗法）本法可选择性杀伤增生旺盛细胞，不仅对肉眼可见的尖锐湿疣有破坏作用，还可清除亚临床损害和潜伏感染组织。具有治愈率高、复发率低、不良反应少且轻微、患者依从性好等优点。8.手术治疗适用于巨大尖锐湿疣，对疣体整个或分批切除。9.免疫疗法不主张单独使用，可作为辅助治疗及预防复发。可用干扰素肌内、皮下和损害基底部注射，白介素-2皮下或肌内注射，聚肌胞肌内注射等。
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