甲氨蝶呤的副作用，主要有：
一、胃肠道反应，主要表现为恶心、呕吐、腹泻、口腔溃疡、咽炎等。
二、骨髓抑制，可表现为白细胞降低，严重时可出现全血下降，皮肤或内脏出血。
三、大量一次应用，可致谷丙转氨酶升高或药物性肝炎，少量持久应用可致肝硬化。
四、肾脏损害，主要见于大剂量应用时，可出现血尿、蛋白尿、少尿、氮质血症、尿毒症等。
五、妊娠早期使用，可致畸胎，少数病人有月经延迟及生殖功能减退。
六、可出现脱发、皮炎、色素沉着及药物性肺炎等。
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