脑炎如果治疗不及时或病人病情危重会留下不同程度的后遗症，如智力受损、认知功能障碍、癫痫、肢体活动障碍，还可遗留头痛或视物模糊，部分患者可造成听力下降，根据损伤部位的不同，还可出现语言表达障碍。
脑炎可以反复的复发：
1、当治疗不规范病毒或细菌没有完全杀灭的情况下可以在身体抵抗力下降时再次复发；
2、平时再次感染这些病毒或细菌也可以出现再次复发。
对于脑膜炎的预防，尤其流感病毒比较肆虐的情况下及时注射流感疫苗，效果较好。
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