由于传染性软疣的病因和发病机制已阐明，目前可进行病因治疗，主要的治疗方法是手术治疗和药物治疗。
临床中需要遵循积极而理性、治疗措施个体化等原则，对传染性软疣患者进行疾病教育、药物治疗。
一、药物治疗
1、阿昔洛韦：抗病毒药物，可治疗传染性软疣病毒，但是特异性不高。
2、碘酊：用镊子将损害中央的乳酪状物质挤出，再用牙签蘸苯酚或碘酊滴入挤空的损害内，一周以后就会痊愈，不留痕迹。
3、苯酚：如果损害是小丘疹，就用牙签蘸点涂苯酚至发白为止，必要时2~3天再点涂，不需挤出白色软疣小体，一般经10天左右就能痊愈。
4、三氯醋酸：对于众多而微小的损害，也可以用其他化学腐蚀药点涂，如冰醋酸及30％三氯醋酸溶液等。
5、5%~20%水杨酸制剂：涂抹于皮损处可加速皮损消退，水杨酸联合聚维酮碘溶液治疗疗效比单独使用水杨酸更好。
二、手术治疗
1、疣体夹除术：是治疗本病的简单最有效方法，可在无菌条件下用齿镊或弯曲血管钳将软疣夹破，挤出其内容物，然后外用碘酊等以防细菌感染。
2、切除法：是指将患病皮肤完全切除，复发可能性小，但会留下较大的疤痕。
三、物理治疗
冷冻治疗对去除皮损有效，需要每间隔3~4周重复进行。
对较大的损害刮除术和透热疗法比较适用，对浅表性皮损，可采用其他物理性治疗手段，以将损害中的软疣小体完全挤出或挑除为目的，如用木刮匙或用小镊子夹住疣体，将之刮除或削除，然后涂以2%碘酊、苯酚(石炭酸)或三氯醋酸，并压迫止血，也能达到治疗目的。
对儿童患者为使患儿配合治疗，在治疗前可用麻醉剂霜局部封包，以减少治疗时的疼痛。激光治疗或外科切除手术也可考虑，但可能会形成瘢痕。
四、其他治疗
对免疫功能不全或免疫抑制的患者，局部或系统应用免疫刺激或免疫调节治疗，5%咪喹莫特霜剂可有效清除传染性软疣疣体，使用方法多种，80%的患者疣体可彻底清除。
其他外用治疗方法有0.1%维A酸霜、5%氢氧化钾溶液、硝酸银软膏、0.3%~0.5%鬼臼毒素霜等。
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