肝囊肿以先天性囊肿最为常见，少见的原因有多囊肝及肝包虫病。
先天性肝囊肿无症状时无需治疗，囊肿较大(大于5cm)或压迫周围脏器出现症状时，需要手术治疗；
治疗可以采取付倩静囊肿开窗引流或切除术，部分患者可以采取囊肿穿刺注射药物的方法治疗，如果囊肿为多发，往往治疗效果欠佳。
部分患者多发囊肿为多囊肝，这是一类遗传性疾病，往往伴有多囊肾等其他器官病变，部分需要肝肾移植治疗。
肝包虫病目前比较少见，多见于牧区，为寄生虫感染所致，常需要手术治疗。
如果是查体发现的先天性囊肿，小于5cm，不需要特殊治疗，每年复查变化即可，如果囊肿较大，或者有症状，需要到医院进一步检查治疗。
治疗肝囊肿时，首先应明确其囊肿类别，寄生虫性肝囊肿需药物治疗和手术治疗；遗传性多囊肝病可行囊肿开窗缓解症状，晚期肝衰竭时需行肝移植术；
肿瘤性肝囊肿应行手术治疗。
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