浅部真菌主要包括皮肤癣菌感染、马拉色菌感染和念珠菌感染。
深部真菌病包括皮下组织真菌病和系统性的真菌病，其中皮下组织真菌病最常见的有着色芽生菌病、孢子丝菌病等。
系统性的真菌病指真菌侵犯内脏器官，如隐球菌性脑膜炎、念珠菌性肺炎等。
真菌的检查方法可以根据直接镜检、培养组织病理、动物接种、血清学检查等进行检查等。
动物接种可以测定动物动物的致病性，近年来的使用PCR技术，对于快速诊断真菌病有很大的帮助。
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