T：修帝，J：红豆杉博士，R：坂木老大/富林多/塞格博士，D：东·乔治，F：真菰博士，B：白露，C：赤霞珠，P：等离子队，H：帅哥，A：赤楠，L：路克
水、草、火炎系道馆（1~6）
BW01.前往合众地方!捷克罗姆的身影!!T/J/R（修帝、艾莉丝、红豆杉博士，修帝得到藤藤蛇，修帝与小智第一次对战，小智落败）
BW02.艾莉丝与牙牙!!T/J/R（火箭队原有神奇宝贝寄放在本部，艾莉丝同行，武藏收服滚滚蝙蝠，小智收服豆豆鸽）
BW03.水水獭!黑眼鳄!危在旦夕!!J（小智得到水水獭）
BW04.对战俱乐部!神秘神奇宝贝现身!!R/D（东·乔治登场，小智得到暖暖猪）
BW05.三曜道馆!VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!!R（天桐登场） BW06.梦的遗址!食梦梦与梦梦蚀!!R/F（小智得到挑战徽章，真菰博士博士登场，艾莉丝与天桐加入）
一般系道馆（7~16）
BW07.藤藤蛇·迷人收服!?R（小智收服到藤藤蛇）
BW08.火红不倒翁与达摩狒狒!钟塔的秘密!!
BW09.蜈蚣王发飙!拯救牙牙!!R
BW10.劲敌对战!强敌轻飘飘!!T/R/D（富林多登场，修帝与小智第二次对战，小智落败） BW11.石居蟹!去夺回自己的房子吧!!R（天桐得到石居蟹）
BW12.破破袋战队与秘密基地!?（小智得到神奇宝贝蛋） BW13.泡沫栗鼠有洁癖!?J/B（白露登场，白露收服泡沫栗鼠）
BW14.七宝市!博物馆大冒险!!R
BW15.七宝道馆赛!VS道馆训练家·芦荟!!D
BW16.再次挑战七宝道馆!新绝招爆发!!D（小智得到基础徽章，暖暖猪学会火焰袭击，水水獭学会喷射水柱）
虫系道馆（17~25）
BW17.从蛋中孵出的小霸王!!R（小智的蛋孵化成滑头小子，塞格博士登场）
BW18.矢车森林!虫宝包与亚堤!!（小智收服虫宝包，并将豆豆鸽寄放在红豆杉博士处) BW19.酒侍对决!石居蟹VS双刃丸!!C（赤霞珠登场）
BW20.皮卡丘VS黑眼鳄VS鸭宝宝!!（皮卡丘学会电球）
BW21.天之箭桥与歌德小姐!J（豆豆鸽归队，并将虫宝包寄放在红豆杉博士处）
BW22.飞云市!结段蜈蚣恐慌!T/J/R（豆豆鸽进化成波波鸽）
BW23.火箭队VS等离子队!（前篇）J/R/P/H（延期）（等离子队登场）
BW24.火箭队VS等离子队!（后篇）J/R/P/H（延期）（根据BW25，火箭队的任务已结束，小智的虫宝包归队，并将波波鸽寄放在红豆杉博士处）
BW25.飞云道馆赛!纯情之心的虫系神奇宝贝对战!!（小智得到甲虫徽章，虫宝包进化成包衣茧并学会能源球，小次郎得到哭哭面具）
电气系道馆（26~52）
BW26.飞云市钓鱼大会!钓鱼酒侍天桐登场!!B （6月23日，白露暂时入队）
BW27.可爱的脸要注意!被电飞鼠麻痹了!!B（艾莉丝得到电飞鼠）
BW28.电飞鼠VS藤藤蛇!!闪电交替大混乱!!B（白露离队）
BW29.烛火鬼大宅的恐怖故事!!R
BW30.通往龙系大师之道!牙牙VS赤恶龙!!（牙牙掌握龙之怒）
BW31.消失的扇贝贝!水水獭最大的危机!!K（肯尼阳登场）
BW32.恋爱的棉花宝乘着风吧!!（小智的波波鸽归队，并将包衣茧寄放在红豆杉博士处） BW33.利格雷与不明飞行物体!!
BW34.劲敌对战!雪花冰、木棒小子参战!!T/A（赤楠在修帝回忆中登场，修帝与小智第三次对战，平手）
BW35.震音蟾蜍、玛奇鱼!水边的战斗!!T（小智的包衣茧归队，水水獭掌握喷射水柱，小智收服震音蟾蜍并将其与波波鸽一同寄放在红豆杉博士处，天桐收服玛奇鱼）
BW36.龙系克星登场!艾莉丝与龙头地鼠!!（龙头地鼠再次服从与信任艾莉丝并学会集气弹） BW37.滚地球!发射光泽电炮!!（小智收服滚地球，并将某一只神奇宝贝寄放在红豆杉博士处） BW38.侦探酒侍天桐!差不多娃娃失踪事件!!
BW39.化石复活!古代怪鸟古翼龙!!J/F（小智的波波鸽归队，并将某一只神奇宝贝寄放在红豆杉博士处）
BW40.索罗亚大电影!神奇宝贝晚夜骑士的传说!!L（路克登场并暂时入队）
BW41.全员集合!东之对战!!T/D/B/C/K/L
BW42.激战东·乔治对战!藤藤蛇VS驹刀小兵!!T/D/B/C/S/G/L（修帝与白露止步16强） BW43.火热的东·乔治对战!导电飞鼠VS打击鬼!!D/B/C/S/G/L（蓝葛雷，天桐与甘尼洋止步8强） BW44决战东·乔治对战!小智对艾莉丝!!D/B/C/S/G/L（路克止步4强，小智决赛落败，艾莉丝夺得冠军和羽毛，牙牙学会龙鳞之怒）
BW45.交涉喵·喵喵!头巾混混说服作战!!R（滑头小子学会飞膝撞，喵喵因任务入队）
BW46.小心扒手猫!喵喵与水水獭!!
BW47.大宇怪与双卵细胞球与梦境小偷!!IE（北尚与南厦登场）
BW48.交涉喵·喵喵!突破冻原熊之森!!R/IE
BW49猛冲!对战地铁!!（前篇）R/IE（喵喵离队并返回火箭队）
BW50.猛冲!对战地铁!!（后篇）R/IE（暖暖猪学会喷射火焰）
BW51.道馆训练家是魅力模特儿!甘蜜雷登场!! B（白露挑战雷文道馆落败）
BW52.雷文道馆!华丽的电击对战!!J（小智得到伏特徽章）
地面系道馆(53~63）
BW53小智、天桐VS地铁大师!!IE（小智、天桐挑战落败）
BW54智VS冠军·阿戴克!!T/A（阿戴克正式登场）
BW55往彩虹的彼端!街头沙铃音乐剧!!
BW56芽吹鹿! 春夏秋冬排列!!
BW57滑头小子与放纵的哥德宝宝!!K（可春登场）
BW58艾莉丝与单首龙!抚养屋修行!!R/E
BW59怪杰敏☆捷虫VS几何雪男!!
BW60天桐与伯特 兄弟对战!爆香猴VS花椰猴!! （花椰猴学会岩石封闭）
BW61龙卷云VS雷电云VS土地云!!（前篇）
BW62龙卷云VS雷电云VS土地云!!（后篇）R
BW63 地底的道馆赛VS压坤!!（小智得到颤抖徽章，石丸子进化成地幔岩并学会岩石爆破和岩石粉碎）
BW64电电虫、电蜘蛛!电气石洞穴!!J/B（石居蟹进化成岩殿居蟹并学会岩石炮）
BW65通信交换进化!骑士蜗牛与敏捷虫!!J/B（红豆杉博士的盖盖虫与白露的小嘴蜗交换，小嘴蜗进化成敏捷虫，盖盖虫进化成骑士蜗牛，红豆杉博士的父亲登场）
BW66黑英雄的遗迹!象征鸟与死神棺!
BW67双打比赛!皮卡丘·混混鳄VS蜈蚣王·蟾蜍王（小智收服戴墨镜的混混鳄）
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