首先需要确诊具体为哪一类型的甲状腺炎，各种不同类型的甲状腺炎的治疗和预后不尽相同。急性甲状腺炎是细菌感染所致，可以采取抗感染治疗，如果形成脓肿，早期型脓肿切开引流;亚急性甲状腺炎与病毒感染有关，具有自限性病程。
轻型可选用非甾体类抗炎药物，消炎痛、芬必得、萘普生等治疗。中重型可以与强地松治疗，连用两周，以后逐渐减少剂量，疗程1到2个月。
遇停药后复发的，可再用强地松、甲状腺素制剂效果较好。慢性甲状腺炎又称自身免疫性甲状腺炎，临床分五种，有桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎，甲状腺功能抗进、正常的甲状腺炎、无痛性甲状腺炎。
桥本甲亢，本病尚无对病人的治疗措施，饮食上限制也摄入在安全范围，阻止甲状腺自身免疫破坏的进展。临床上治疗，主要针对甲减和甲状腺压迫症状，将有甲状腺肿大，无甲减一般不需要治疗，甲减或者亚临床甲减，可以给甲状腺替代治疗。
甲状腺迅速肿大，伴有疼痛或压迫症状时，可以给予糖皮质激素治疗。
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