女性生殖器畸形系女性生殖器官在胚胎发育形成过程中受到某些内在或外来因素的干扰，可导致发育异常。
常见的有：处女膜闭锁、阴道发育异常、先天性宫颈闭锁、子宫发育异常、输卵管及卵巢发育异常、两性畸形等。
处女膜闭锁较为常见，在青春期初潮以前可能无任何不适，初潮后经血无法排出，可能会出现下腹疼痛，体检会发现盆腔包块（子宫积液及阴道积液）,妇科检查发现处女膜膨隆，注射器抽出积血即可确诊，确诊后行处女膜切开术。
阴道发育异常常见的有：先天性无阴道、阴道闭锁、阴道纵隔及横隔。若是先天性无阴道，多半无子宫或仅为始基子宫，少数人有正常的子宫及卵巢，外阴及第二性征发育正常，可行阴道成形术，手术多半于婚前进行。
阴道闭锁及完全性阴道横隔的症状与处女膜闭锁相似，治疗应尽早手术。阴道纵隔及中央有孔的横隔，经血可正常流出，多半至生育期体检或人流，生产时被发现，若隔不厚，可行切开术，若隔膜过厚，生产需改行剖宫产。
先天性宫颈闭锁较罕见青春期后因宫腔积血而出现周期性的下腹痛，治疗以手术穿通宫颈，若宫颈未发育，则行子宫切除术。
子宫发育异常可分为：子宫未发育、子宫发育不良、子宫发育异常等。
子宫未发育者又分先天性无子宫、始基子宫等。
子宫发育不良者月经量少，婚后不育，可加雌孕激素治疗。
子宫发育异常可分为：双子宫、中隔子宫、单角子宫、残角子宫。
子宫发育异常者若无症状且不影响生育者可不需治疗，双角子宫及中隔子宫影响生育者可行子宫整形术。
输卵管发育异常可分为输卵管缺失、副输卵管、输卵管发育不全、闭塞或中段缺失等。
输卵管发育异常可能导致不孕或异位妊娠，希望生育者多数需借助辅助生育技术。
卵巢发育异常可分为：单侧卵巢缺失、双侧卵巢缺失、多余卵巢等。
两性畸形者生殖器官可能同时具有某些男女两性特征，均为胚胎在宫内接受过高或不足量的雄激素刺激所致。
可分为女性假两性畸形、男性假两性畸形和生殖腺发育异常三种。
需做染色体、性激素全套及尿17a-羟孕酮、尿17-酮等方面的检查，确定其具体分类后再做相应的治疗。
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